まとめ1

タイトルは後に変えるだろうし、記事の中身も随時改変する。

 

現在の目標

『有償ソフトを用いずにWin10およびMacOSホモロジーモデリングを行う』

『これからホモロジーモデリングを始めようとする今の私と同じレベルの人にもわかりやすいようにまとめる』

『最終的にはMDシミュレーションを行う』

 

 

今日までに理解した・導入したことメモ

ホモロジーモデリングに必要なデータの種類

PDBからDLした鋳型となるPDBファイル、3次元構造を知りたいタンパク質の2次元配列のFASTA形式ファイル(今回は鋳型となる=相同性の高いタンパク質が何かが判明しているためBLASTなどの配列検索の手順を省略することができた)

 

MDシミュレーションやホモロジーモデリングに必要な、無償で使えるソフトたちを導入

─PyMOL、Gromacs、AMBERTools、Modeller、Chimera (ModellerとChimeraはこれから導入)

─PyMOL、GromacsとAMBERToolsはMDシミュに、Modeller、Chimeraはホモロジーモデリングに用いる予定。もしかしたらもっとスマートにやる方法があるかもしれないが、今のところはこれで

 

PyMOLとは

─Open Sourceの分子可視化ツール。平たく言うと物質の立体構造(3次元構造)を表示してくれる。小さな水分子からタンパク質まで。『可視化』なので構造が見えるようになるだけであって、力場に沿って適切に動かしたりするには別のプログラムが必要

 

Gromacsとは

─Open Sourceの、CPUまたはGPU上で動作するMDシミュレーションのパッケージ。タンパク質の挙動や自由エネルギーの統計力学量を求めるなど様々な目的に使える。様々な力場が入っている

 

AMBERToolsとは

─AMBER力場群を用いるときに使うパッケージ?まだよくわかっていない

 

Modellerとは

ホモロジーモデリングを行うことができる精度の高いプログラム。構造既知のタンパク質でMDシミュレーションを行う時にも、ミッシング残基が存在する場合はこのプログラムを用いる

 

Chimeraとは

─PyMOLと同じく分子可視化ツール

─なぜ一本化しないのか?

─①ホモロジーモデリング②MDシミュについて検索していたら「ChimeraとModellerでホモロジーモデリングを行う」ガイド記事と「PyMOL、Gromacs、AMBERToolsでMDシミュレーションを行う」ガイド記事が見つかったため

─きっとどちらの分子可視化ツールでも①②両方行うことができるだろうから、両方使ってみて使用感の良い方に一本化する…かもしれない

 

力場とは?力場の種類について

─GROMACS、GROMOS、OPLS-AA、AMBER、CHARMMなど。ここに挙げたものはGromacsパッケージに含まれているらしいが…?

─有償と無償がある

─力場とは何かはwikiの方が正確かつ精密なので検索してください…