2018年9月11日

結局のところ、ホモロジーモデリングは今日のうちに成功した。

ただし、オンラインサービスを使って。

ローカルな環境でのChimeraおよびModellerを用いたホモロジーモデリングは、実のところ単量体のみをターゲットにしている…らしい。ローカル環境でのホモ多量体(今回は二量体だったが)のホモロジーモデリング法は、努力したものの今のところ発見できていない。

そこで相同複合体の検索・モデリングサーバであるHOMCOSを用いて、相同性が80%近いタンパク質分子を鋳型として、標的タンパク質のホモロジーモデリングを行うことができた。もちろん、簡易的であることは理解しているのでHOMCOSヘルプページにあるModellerを用いたより精密なモデリングを行ってからMDシミュレーションに移りたい。

 

ここからは日記。

上記まとめが少し乱雑になったのは、胃が絞られるように痛む日々が続いているせいだ。胃カメラと診察まであと一週間だが胃薬では抑えが効くかどうかという域に既にある。何とかもってくれ、そして胃カメラで原因がわかって治療法が見つかりますように。何とか治ったらきっとこの日記も書き直したり、後日訂正や改編を行おうと思う。